Depois de enfrentar sentinelas no mundo real, Neo (Keanu Reeves) tem sua mente fechada em um lugar entre matriz e realidade, do qual ele só pode sair com a ajuda de Trainman (Bruce Spence). Depois de perceber que as ondas cerebrais de Neo são Trinity (Carrie-Anne Moss) e Morpheus (Laurence Fishburne) eles pedem a Oracle (Mary Alice) e Seraph (Sing Ngai), Trinity, Morpheus e Seraph para ajudar em busca de Merovingian (Lambert Wilson), que controla Trainman e pode libertar Neo. Depois de completar com sucesso o resgate, o trio é dividido em duas missões: enquanto Morpheus e a tripulação de duas naves partem para Sião, na tentativa de lutar contra as máquinas, Neo e Trinity vão em direção à cidadela da máquina.
