Nova York, 1979. A Ordem de São Sebastião, um dos títulos mais importantes da Igreja, é concedida a Michael Corleone (Al Pacino) após doar US $ 100 milhões para a Igreja, em nome da Fundação Vito Corleone, da qual Maria ( Sophia Coppola), sua filha, é presidente honorária. Michael é idoso, doente e divorciado, mas faz atos de redenção para tornar o sobrenome Corleone aceitável. Para comemorar o título recebido, após 8 anos de ausência, Michael recebe “Vinnie” Mancini (Andy García), seu sobrinho, que a pedido de Connie (Talia Shire) se apresenta a Michael expressando o desejo de trabalhar com seu tio. Nessa tentativa de diálogo, a conversa toma um rumo hostil, já que Joey Zasa (Joe Mantegna) também participou do encontro, que agora mantém o controle de uma área que já foi ocupada por Don Vito Corleone, pai de Michael. Vinnie é liderado por Zasa, mas diz que não quer continuar, principalmente devido à traição de Zasa de não reconhecer o poder de Michael. Vinnie quase é morto pelos capangas de Zasa e uma guerra pelo poder começa. Um arcebispo da Igreja pede $ 600 milhões a Michael, já que isso resolveria o déficit da Igreja, oferecendo em troca Michael para assumir o controle majoritário da Immobiliare, uma velha e respeitável empresa europeia de propriedade da Igreja. Michael concorda, mas deixa vários clérigos chateados, que não o aceitam por sua vida questionável.
